《汉志·黄帝内经》表明了《黄帝内经》并非现今流传的版本。
金栋认为，《汉志·黄帝内经》与今天通行的《黄帝内经》合在一起的说法来源于晋代皇甫谧的《甲乙经序》。他说：“根据《七略》《艺文志》的记载：‘《黄帝内经》有十八卷’，今有《针经》九卷，《素问》九卷，合起来就是二十八卷，也就是《内经》。”唐代王冰在《黄帝素问》自序中也提及了这一点，他引用了班固《汉书·艺文志》中的内容: ‘《黄帝内经》有十八卷’，《素问》就是其中的九卷，此外还有《灵枢》九卷，合起来就是十八卷。这一说法一直流传至今，并成为了正统权威的说法。
《汉志·方技略》中提及的《黄帝内经》十八卷并非指今天通行的《黄帝内经》，这一点在清代姚际恒的《古今伪书考》中得到直接明确的证实。在书中，他指出《汉志》记载了《黄帝内经》十八卷，而《隋志》中才开始出现了《黄帝素问》九卷，并由唐代王冰进行了注释。王冰认为《汉志》中所记载的《内经》十八卷应包括《素问》九卷和《灵枢》九卷，而后来的人们将《素问》误称为《内经》，实为错误的归纳。
有学者最近进行考证认为《汉志·黄帝内经》十八卷，不同于目前流传的《黄帝内经》，这一观点打破了传统的权威说法。
根据田树仁、王建中考证，他们认为《灵枢》《素问》并不是《黄帝内经》的组成部分，而是各自独立的两部书。他们指出，《灵枢》《素问》虽然内容时间跨度很大，只能反映其素材来自多方面，但作为每部书来说，必然有其主体部分的编纂时间。二书无疑各自成于一时甚至是一人之手。
据余自汉等《内经灵素考辨》的说法，《黄帝内经》包括现传《灵枢》《素问》两书的说法似乎站不住脚。实际上，现传的《灵枢》《素问》应当是汉前我国医学理论的集大成者。由于‘《黄帝内经》十八卷’只是《方技略》医经四家二百一十六卷中的一小部分，所以它根本不可能包括现传《灵枢》《素问》两书。根据《内经灵素考辨》的观点，《灵枢》《素问》两书很可能是东汉中期有某些士人医家汇集了东汉前一些时期的医学文献，并结合当代的医学成就分别编纂而成。《灵枢》《素问》这两部医学文献的汇编工作，无疑是出自一时一人或一些人之手。二者的成书年代无疑还有先后之分。
廖育群在《重构秦汉医学图像》中指出：“根据我的理解，《素问》和《灵枢》并非《汉书·艺文志》所记载的‘《黄帝内经》十八卷’。”他提出了如下理由：
“《汉书·艺文志》中记载了医经、经方、房中、神仙等4类医籍，共计三十六家，八百六十八卷。除了今人所称的《黄帝内经》十八卷依然保存至今以外，其他书籍均已失传。这使得千年来医学界对其中一些重要名词术语无法找到考证的线索，比如‘汤液’的真正含义至今无法确定。《黄帝内经》为何能够流传至今，而保存得如此完好，成为了一个引人关注的问题。”
根据《汉书·艺文志》，在书籍中，“篇”和“卷”的计算方式是相等的，没有将“积篇为卷”的情况。比如在《形法六家，百二十二卷》中的《山海经icon》十三篇，在合计时计为13卷；而《礼》555篇中包括了“礼古经五十六卷”，在合计时也计为56篇的数量。这些都是很明显的例子。因此，《黄帝内经》的18卷也就等同于18篇的数量，不可能包含今本《黄帝内经》这么多内容——162篇。
《汉书·艺文志》所载的医籍与《黄帝内经》在篇幅和内容上的比较，确实给人一些疑惑。《五藏六府痹十二病方》30卷、《五藏六府疝十六病方》40卷和《五藏六府瘅十二病方》40卷的篇幅之大确实让人感到吃惊，尤其是与《黄帝内经》相比。难道这些方书仅仅记载某一具体病症的方书就能达到超过《黄帝内经》两倍之多的篇幅吗？
马王堆出土医书中的《十问》中的“尧问于舜”和“帝盘庚问于耇老”两节，是国内外学者普遍认为与《汉书·艺文志》中的“房中八家”中的《尧舜阴道》和《汤盘庚阴道》两本书有一定关系。然而，“尧问于舜”一节只有151个字，“帝盘庚问于耇老”也仅有136字。这些内容的文字量不可能超过今本《黄帝内经》。显然，当时的《黄帝内经》只有18卷，其文字量非常有限，约等于18篇的分量。换句话说，只有今本《黄帝内经》的大约1/9那么多。
《黄帝内经》是由《素问》和《灵枢》两部独立著作组成。在《汉书·艺文志》中并没有提到这种现象。两部书在用语和理论方面存在许多差异，这清楚地表明它们原本就是互不相关的独立著作。
历代正史书目中一直将“《素问》《灵枢》（《九卷》《针经）两书之名作为分别的书名。而将它们合称为《黄帝内经》的说法只是皇甫谧的一种猜测，唐代的王冰宗从这里起步，后由医家口口相传，但是并没有得到历代书志的正式承认。
根据廖氏的观点，可以得知，《内经》的成书时间应该限定在东汉末年张仲景编著《伤寒杂病论》之前，并且应该在刘歆《七略》编纂之后。古代文献中也出现了类似甲骨卜辞的用语，同时也出现了曹魏时期的官职名称，这表明了《内经》的书写时间具有古近之分。西汉以前的医学著作没有完整保存下来的例子，后世所见到的医学著作多数出自东汉时期，如《难经》《神农本草经》《伤寒论》，并认为现在还应该加上《素问》与《灵枢》这两部独立的著作，因此《内经》的成书时间应当是在东汉或以后。
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